Руководители ООП, жившие в изгнании в Тунисе, опасались оказаться на обочине политической жизни. На Западном берегу и в секторе Газа протесты охватили все слои палестинского общества и привели к возникновению нового, молодого и подпольного руководства, известного как Единое национальное руководство восстанием (ЕНРВ). Несмотря на то что в его состав входили представители основных фракций ООП, это местное руководство поощряло низовые инициативы, направленные на то, чтобы сделать оккупацию аморальным и непосильным бременем для израильского общества. Для координации актов гражданского неповиновения, включая бойкот израильских товаров и услуг и замену их продукцией местных сетей, мобилизовались народные комитеты, которые также организовывали повседневную жизнь с конечной целью достижения самоопределения. Поскольку политическая инициатива прочно удерживалась палестинскими лидерами внутри оккупированных территорий, между местным руководством и внешним руководством ООП возникла определенная напряженность. Однако успешное согласование политических целей ЕНРВ с целями ООП стало спасением для ее председателя Ясира Арафата и его коллег по движению ФАТХ. Дополнительным подтверждением роли Арафата стало решение короля Хусейна в июле 1988 года отказаться от притязаний Иордании на Западный берег.

Однако интифада также породила движение религиозного сопротивления, которое открыто бросило вызов авторитету ООП. Известное главным образом под аббревиатурой ХАМАС (Харакат аль-Мукавама аль-Исламия, или Исламское движение сопротивления), что по-арабски означает «рвение», это движение возникло как ответвление ячейки «Братьев-мусульман» в секторе Газа. «Братья-мусульмане» долгое время занимались религиозно-миссионерской деятельностью. Когда вспыхнула интифада, более молодые лидеры движения с университетским образованием побоялись, что оно потеряет поддержку, если не вмешается в политику. ХАМАС, поначалу поощряемый израильским правительством в качестве противовеса ООП, опирался на свой многолетний опыт оказания социальных услуг на оккупированных территориях и завоевал широкую популярность во время интифады. Он яростно выступал против готовности ООП пойти на компромисс по вопросу раздела исторической Палестины. Платформа ХАМАС объявляла священной всю территорию бывшей подмандатной Палестины, призывая к уничтожению Израиля и созданию «исламского государства». Каким бы грубым и упрощенным ни был его первоначальный устав, популярность движения и его способность мобилизовать эффективную сеть учреждений бросили серьезный вызов авторитету ФАТХ.

Для Израиля последствия этого стремительно меняющегося политического ландшафта оказались глубокими. Хотя в конечном итоге Израилю удалось арестовать многих лидеров ЕНРВ, что привело к постепенному распаду низовых сетей, их кампании гражданского неповиновения уже успели убедить многих израильтян в том, что оккупированные территории больше нельзя рассматривать как надежный экономический или даже оборонный актив. Первоначальное решение израильского государства применить жестокую силу «железного кулака» для подавления интифады лишь подстегнуло дальнейшее восстание, одновременно запятнав репутацию государства как за рубежом, так и внутри страны. Израильтяне пришли к убеждению, что статус-кво неприемлем как с моральной, так и с практической точки зрения, и все большее их число начало оказывать давление на свое правительство с требованием уйти с оккупированных территорий.

Новый импульс к поиску какого-то политического примирения дало вторжение Ирака в Кувейт и его оккупация в 1990 году. Американские войска при поддержке многонациональной коалиции, в которую входили многие арабские страны, без особого труда выбили иракские войска из Кувейта. Однако во время самой войны Ирак выпустил ракеты типа «Скад» по израильским городам в надежде расколоть коалицию. Эти ракеты, которые, как опасался Израиль, могли быть оснащены химическими боеголовками, подвергли израильтян новым угрозам и уязвимостям, против которых контроль над Западным берегом и сектором Газа не давал практически никакой защиты. Более того, война против иракской оккупации Кувейта породила все более громкие призывы к Соединенным Штатам положить конец и израильской оккупации палестинских земель. И действительно, после победы в войне в Персидском заливе в 1991 году США поспешили созвать в Мадриде международную мирную конференцию, в которой приняли участие все государства региона (без участия ООП). Война в Персидском заливе на самом деле сильно ослабила позиции ООП. Решение Арафата принять сторону иракского диктатора Саддама Хусейна оставило его в дипломатической изоляции и лишило финансовой поддержки со стороны богатых нефтью стран Персидского залива: ООП лишилась субсидий, которые она ранее получала от правительств Кувейта и Саудовской Аравии, а более 300 000 палестинцев, проживавших в Кувейте, потеряли свои дома и средства к существованию. Израиль фактически закрыл официальным представителям ООП доступ на Мадридскую конференцию, однако переговорщики с Западного берега и из сектора Газа тем не менее приняли в ней участие под руководством ООП. Именно их речи оказались самыми красноречивыми. Требования палестинцев не просто были изложены в конструктивном ключе — они впервые были представлены израильским лидерам с глазу на глаз. В остальном Мадридские переговоры мало чего достигли по существу, за исключением того, что все стороны взяли на себя обязательство поддерживать непрерывный процесс двусторонних переговоров. За исключением израильско-иорданских встреч, которые успешно завершились подписанием мирного договора в 1994 году, двусторонние переговоры вскоре зашли в тупик. На этих встречах после Мадрида главным камнем преткновения стала израильская поселенческая политика. Палестинская делегация, возглавляемая «инсайдерами» — лидерами, которые жили и работали на оккупированных территориях, — настаивала на замораживании строительства поселений.