Точное число погибших до сих пор не установлено, так как в комплексе нелегально проживало множество незарегистрированных мигрантов; официальные данные говорят о 43 погибших, неофициальные источники называют цифры вплоть до 300 человек. Экипаж самолета погиб. В последующие годы у выживших жителей района и спасателей развился комплекс тяжёлых хронических заболеваний, а расследование причин катастрофы сопровождалось слухами о характере секретного груза и попытках сокрытия информации со стороны правительств Израиля и Нидерландов.

С достаточной уверенностью предполагается, что среди этих людей были агенты израильского «Моссада», однако к сбору обломков и грузов были причастны и другие лица.

Основные невыясненные и подозрительные факты вокруг крушения:

   1. Исчезновение бортового самописца. Речевой самописец («чёрный ящик»), фиксировавший переговоры экипажа в кабине, так и не был найден, несмотря на то что место крушения находилось на суше и было полностью разобрано. Это уникальный случай для катастроф самолетов Боинг-747.

   2. Снос здания и очистка территории. Власти заявили, что никакой угрозы здоровью жителей на месте крушения нет, однако уцелевшие секции зданий были спешно снесены до самого основания, а в жилом квартале провели глубокую очистку грунта и грунтовых вод.

   3. Защитные костюмы «Дрэгер» (Dräger). Замеченные на месте крушения сразу после падения лайнера люди в белых комбинезонах носили профессиональные костюмы биологической защиты «Дрэгер». Эти костюмы не защищают от огня и высокой температуры, но обеспечивают максимальную безопасность при контакте с опасными химическими веществами.

   4. Особый статус авиакомпании в аэропорту. Спустя время подтвердилось, что со времен Шестидневной войны 1967 года израильская государственная авиакомпания «Эль-Аль» располагала в аэропорту Схипхол закрытой суверенной зоной, что позволяло израильским спецслужбам перевозить грузы (включая оружие и секретные материалы) без стандартного таможенного досмотра Нидерландов.

   5. Пропажа грузовых документов. Вопреки правилам безопасности, полные грузовые манифесты не были предоставлены спасателям и полиции в ночь катастрофы. Парламент Нидерландов получил эти документы только через четыре года, причём они были частично нечитаемыми. На судебных слушаниях фигурировали документы, отличавшиеся от тех, что были переданы парламенту. Найденные местным жителем на месте крушения оригинальные фрагменты документов были переданы амстердамскому телеканалу, засняты на камеру, отданы полиции и через несколько дней бесследно исчезли из сейфа ведомства.

   6. Массовые заболевания. Согласно независимому отчёту группы врачей, более 300 выживших жителей Бейлмера и пожарных тяжело заболели после катастрофы, ещё у 400 наблюдались более лёгкие симптомы. У многих больных проявлялись симптомы, схожие с лучевой болезнью или тяжёлым химическим отравлением.

   7. Наличие ДММФ в грузе. В 1998 году под давлением прессы выяснилось, что самолет перевозил диметилметилфосфонат (ДММФ) — химикат, используемый для синтеза боевого нервно-паралитического газа зарина. Зарин ранее применялся при теракте в токийском метро (1995) и во время химической атаки на курдский город Халабджа (1988).

   8. Позиция израильской стороны. Израиль долго отрицал военный характер груза. Однако позже подтвердилось, что около 240 кг ДММФ (объём, многократно превышающий нормы для научных исследований) было закуплено у американской компании Solkatronic Chemicals (Нью-Джерси) и предназначалось для Израильского института биологических исследований в Нес-Ционе — ведущего центра разработки химического оружия Израиля.

   9. Двойные стандарты безопасности. В ночь крушения от спасателей и пожарных не требовали носить химзащиту, однако для рабочих, разбиравших завалы в последующие недели, ношение изолирующих костюмов стало строго обязательным.

   10. Технические причины крушения. Официальное расследование заявило об усталости металла в креплениях правого крыла, из-за чего двигатель №3 оторвался, задев при падении двигатель №4. Эту версию сопоставили с аналогичным крушением грузового лайнера компании China Airlines. Однако версия о полной идентичности самолётов сомнительна: китайский Боинг был построен в 1979 году, а израильский — в 1980. В последнем сигнале бедствия командир Ицхак Фукс сообщал о пожаре в двигателе, а не об их потере.

   11. Спешная перевалка грузов. Очевидцы и сотрудники Схипхола сообщали, что в первые часы после катастрофы уцелевшие ящики с вещами «Эль-Аль» были спешно перегружены на зафрахтованный израильтянами рейс немецкой чартерной компании Hapag-Lloyd. Власти Нидерландов отрицали этот факт, но позже подтвердилось, что на этот самолёт спешно перегрузили уцелевшее военное снаряжение и компоненты химикатов. Самолёт был перегружен настолько, что пилоту пришлось выгрузить часть ящиков перед взлётом.